เชื้อไวรัสเอดส์มีหลายสายพันธุ์ โดยสายพันธุ์หลักดั้งเดิมคือ เอชไอวี-1 (HIV-1) ซึ่งแพร่ระบาดในแถบสหรัฐอเมริกา ยุโรป และแอฟริกากลาง, เอชไอวี-2 (HIV-2) พบแพร่ระบาดในแถบแอฟริกาตะวันตก นอกจากนี้ยังพบสายพันธุ์อื่น ๆ ที่กลายพันธุ์มาอีกมากมาย
ในปัจจุบันทั่วโลกพบสายพันธุ์เชื้อเอชไอวี มากกว่า 10 สายพันธุ์ กระจายอยู่ตามประเทศต่าง ๆ ทั่วโลก โดยพบมากที่สุดที่ทวีปแอฟริกามีมากกว่า 10 สายพันธุ์ เนื่องจากเป็นแหล่งแรกที่พบเชื้อเอชไอวี และกระจายอยู่เป็นเวลานานกว่า 70 ปี สายพันธุ์ที่พบมากที่สุดในโลก คือสายพันธุ์ซี มากถึง 40% พบในทวีปแอฟริกา อินเดีย จีน รวมทั้งพม่า ส่วนในประเทศไทยพบเชื้อเอชไอวี 2 สายพันธุ์คือ สายพันธุ์เอ-อี (A/E) หรืออี (E) พบมากกว่า 95% แพร่ระบาดระหว่างคนที่มีเพศสัมพันธ์ระหว่างชายหญิง กับสายพันธุ์บี (B) ที่แพร่ระบาดกันในกลุ่มรักร่วมเพศ และผ่านการใช้ยาเสพติดฉีดเข้าเส้น
ขณะที่สายพันธุ์ซีเดี่ยว ๆ ยังไม่พบในประเทศไทย พบเพียงแต่สายพันธุ์อี-ซี ที่เป็นลูกผสมระหว่างสายพันธุ์อีในประเทศไทย และสายพันธุ์ซีจากทวีปแอฟริกา และยังได้พบหญิงไทยติดเชื้อเอชไอวีสายพันธุ์ใหม่ที่ไม่เคยตรวจเอดส์พบมาก่อนในโลก คือ เชื้อเอชไอวีผสมระหว่าง 3 สายพันธุ์ คือ เอ จี และดี เรียกว่า เอจี-ดี (AG/D) และยังพบเชื้อเอชไอวีผสม 3 สายพันธุ์ ได้แก่ เอ อี และจี เรียกว่า เออี-จี (AE/G)
จากข้อมูลขององค์การอนามัยโลก (WHO) ระบุว่า ตั้งแต่พบการระบาดของโรคเอดส์ครั้งแรกจนถึงปี 2015 มีผู้ติดเชื้อไปแล้วกว่า 70 ล้านคนทั่วโลก และเสียชีวิตไปแล้วกว่า 35 ล้านคน
ขณะที่รายงานของโครงการโรคเอดส์แห่งสหประชาชาติ (UNAIDS) พบว่า สถานการณ์การแพร่ระบาดของเอชไอวี/เอดส์ ในปี 2559 มีผู้ติดเชื้อเอชไอวีทั่วโลกสะสม 36.7 ล้านคน เป็นผู้ติดเชื้อรายใหม่ 1.8 ล้านคน และมีผู้เสียชีวิตจากเชื้อเอชไอวี 1 ล้านคน